‘Le Rock’ chegou a Stamford Bridge em 1998 vindo do Milan e por três temporadas fez dupla de zaga com o compatriota Frank Le Bouef, sendo campeões da FA Cup de 1998. Em suas 222 partidas, deixou um legado de capitão e líder para o jovem jogador que atuou ao seu lado, o atual capitão do Chelsea, John Terry.
Campeão do Mundo pela França como jogador do Chelsea, Desailly foi xerife da zaga de 1998 a 2004, ao lado de nomes como Lebouef e Terry. Líder, competente e versátil atuava tanto como zagueiro ou como volante.
Despediu-se do clube com quase 160 partidas jogadas e 6 gols, conquistou também a Community Shield de 2000 e da UEFA Super Cup em 1998.