O islandês foi um dos melhores jogadores da primeira década da Era Abramovich. Nem mesmo as lesões foram capazes de diminuir o talento de Gudjohnsen. Fazendo a dupla imbatível com Jimmy Floyd Hasselbaink, Gudjohnsen deixou seu nome gravado na memória da torcida.
Contratado junto ao Bolton em 2000, Gudjohnsen logo se firmou no ataque ao lado de Jimmy Floyd Hasselbaink. Com a chega de José Mourinho ao clube, o islandês passou a exercer uma função mais próxima ao meio-campo, provando sua versatilidade ao atuar como winger, meio-campo central e atacante de área.
A chegada de nomes como Salomon Kalou e Andriy Shevchenko, Gudjohnsen assinou com o Barcelona. Em 263 partidas, marcou 78 gols pelo Chelsea.